Selles mangas on Ryouga, üliinimliku jõuga poiss, kes soovib leida oma kadunud isa. Ainus vihje, mis Ryougal on, on salapärane kuju pilvedes nimega “Arkaadid”, kes lubas ta oma isa juurde viia, kui ta piisavalt tugevaks saab. Ryougaga liitub Miruto, tüdruk, kes töötab organisatsioonis, mis jälitab kaabakaid, kes kasutavad Pokemone nende kurjade kavatsuste jaoks, ja Yappy, ajakirjanik, kelle eesmärk on paljastada kogu maailma pahe. Süžee keskendub „Burstile“ - oskus kasutada nendes salvestatud Pokémoniga kristalle inimese-Pokémoni hübriidideks muundamiseks. Ryouga plahvatus on Zekrom, sama, mida tema isa varem kasutas.
