Lugu asetub kaugesse tulevikku. Maa on hävinud ja inimkond rajab mobiilse linnalinnakuistanduse. Plantationis toodetud piloodid elavad Mistilteinnis, mida tuntakse ka kui “linnupuuri”. Lapsed elavad seal välismaailmast ega taevavabadusest midagi teadmata. Nende elu seisneb võitlustes missioonide läbiviimisega. Nende vaenlased on salapärased hiiglaslikud eluvormid, mida tuntakse Kyōryū nime all, ja laste pilootrobotid kutsusid Franxxi nende vastu. Laste jaoks tõendab Franxxiga sõitmine nende olemasolu.
Hiro-nimeline poiss kannab nime Code: 016 ja teda tunti kunagi imelapsena. Siiski on ta maha jäänud ja tema olemasolu tundub ebavajalik. Franxxi piloteerimata jätmine on sama mis eksisteerimine. Ühel päeval ilmub tema ette salapärane tüdruk, keda tuntakse kui „Null kaks“. Tema sarjast kasvab välja kaks sarve.
