Aastal 2032 kannatab Maa tulnukate jõudude ootamatu sissetungi all. Üheksateist aastat möödus sellest sündmusest ja kui maailmas valitses kaos, on ainus viis maailma täielikust hävingust päästmiseks ellu jääda ja võidelda nende vastu, kes sunnivad Maad täielikku hävitama.
Black Rock Shooter (mängus BRS-nimeline “elav relv”) on usaldatud vastutama inimkonna kaitsmise eest, omades võimet võidelda sissetungijate vastu kui ülim relv. Ta tuleb välja San Francisco varemetest ja on tunnistajaks ellujäänud vägede kogunemisele, mis on tema toetus kogu tema missiooni vältel.
