Robotirelvastatud vabadusvõitlejad võitlevad selles galaktikavahelises vabaduse otsimise loos Maa tuleviku eest. Pärast seda, kui Maa ülerahvastatus saadab inimesi kosmosejaamades elama, kuritarvitab neid kontrolljõud - Maa Föderatsiooni valitsus. Kolonistid moodustavad Zeoni hertsogiriigi, et lahendada oma vaidlused ja pidada ühe aasta pikkune iseseisvussõda. Gundami maailm on üle 20 aasta valitsenud kõiki teisi mecha anime ja manga sarju. Mobiilne ülikond Gundam: Sinine saatus jätkab Gundami pärandit föderaaljõudude teise leitnandi Yu Kajima ja tema mobiilsete ülikondade eriüksuse seiklustega.
