Lähitulevikus insenerib Jaapani teadlane mootoriga eksoskeleti nimega “Infinite Stratos” (IS). Omades tehnoloogiat ja lahinguvõimalusi, mis on palju arenenumad kui ükski teine relvasüsteem, ähvardab IS maailma destabiliseerida. Sellise üle jõu käiva relvaga silmitsi, kehtestavad maailma rahvad Alaska lepingu, milles öeldakse, et IS-i ei kasutata kunagi sõjaliseks võitluseks ja et olemasolevat IS-i tehnoloogiat tuleb kõigile riikidele jaotada võrdselt, et takistada ühe riigi domineerimist teised. IS-i kasutuselevõtul on aga ühiskonnale suur mõju. Kuna IS-i saavad juhtida ainult naised, on meeste ja naiste võimutasakaal purunenud ning naised hakkavad ühiskonnas domineerima meeste üle.
Kümme aastat pärast esimese ISi kasutuselevõttu on maailm jõudnud uude rahuaega. Rahu purustab aga ootamatu avastus. Leiti, et 15-aastane jaapanipoiss, nimega Ichika Orimura, suudab IS-i käitada. Potentsiaali realiseerides sunnib Jaapani valitsus Ichikat osalema mainekas Infinite Stratos Academy, rahvusvahelises akadeemias, kus koolitatakse IS piloote üle kogu maailma. Nii algab tema kiire tüdrukute ümbritsetud koolielu.
